ഗോവിന്ദൻ സെക്രട്ടറിയായതിൽ ഇ.പി. ജയരാജനു കടുത്ത നീരസമുണ്ടായിരുന്നു. ഇതിന്റെ പ്രതിഷേധം പാർട്ടി പരിപാടികളിൽ നിന്നു വിട്ടുനിന്നും ഇടതുമുന്നണി യോഗം വിളിക്കാതെയുമാണു ജയരാജൻ പ്രകടിപ്പിച്ചത്. ജയരാജന്റെ നിലപാടിനെതിരേ ശക്തമായ പ്രതിഷേധം ഉണ്ടായിരുന്നെങ്കിലും ഗോവിന്ദൻ അതു പാർട്ടി യോഗങ്ങളിൽ പ്രകടിപ്പിച്ചിരുന്നില്ല. പിണറായി വിജയന്റെ വിശ്വസ്തനെ പെട്ടെന്നു തൊട്ടാലുള്ള അപകടം ഗോവിന്ദനു നന്നായി അറിയാം.
ഇപിക്കെതിരേ വീണുകിട്ടിയേക്കാവുന്ന അവസരങ്ങൾക്കായി അദ്ദേഹം കാത്തു. പാർട്ടി കേന്ദ്ര കമ്മിറ്റി അംഗംകൂടിയായ ഇപിയുടെ വഴിവിട്ട ബന്ധങ്ങളും ഒടുവിൽ ബിജെപി നേതാവ് പ്രകാശ് ജാവദേക്കറുമായുള്ള രഹസ്യബന്ധവും വീണുകിട്ടിയ അവസരമായി. ഇവിടെയാരോടും ഒന്നും ആലോചിക്കാതെ തന്റെ പോളിറ്റ് ബ്യൂറോ അംഗത്വം ഗോവിന്ദൻ ഭംഗിയായി പ്രയോജനപ്പെടുത്തി.
പാർട്ടി സെക്രട്ടറിയായശേഷം സംഘടനയ്ക്കുള്ളിൽ ശുദ്ധികലശത്തിനായി ഇറങ്ങിയ അദ്ദേഹത്തിനു നിരാശയായിരുന്നു ഫലം. പക്ഷേ ഗോവിന്ദന്റെ ഭാഷയിൽ പറഞ്ഞാൽ തെരഞ്ഞെടുപ്പിലെ മനോഹരമായ തോൽവി സിപിഎമ്മിലെ ഉൾപ്പാർട്ടി രാഷ്ട്രീയത്തിൽ പുതിയൊരു അധ്യായത്തിനു തുടക്കം കുറിക്കുകയാണ്.
പാലക്കാട്ടെ ശക്തനായ പി.കെ. ശശിയെ പാർട്ടിയുടെ തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ട സ്ഥാനങ്ങളിൽനിന്നെല്ലാം മാറ്റി; പിന്നാലെ ഇപ്പോൾ ഇ.പി.ജയരാജനെയും. സിപിഎമ്മിൽ എതിർശബ്ദമല്ലാത്ത നേതാവായി ഗോവിന്ദൻ മാറുകയാണ്.