മിസോറാം പ്രെസ്ബിറ്റേറിയൻ ചർച്ച, ദ് ബാപ്റ്റിസ്റ്റ് ചർച്ച് ഓഫ് മിസോറം, ഇവാൻജിലിക്കൽ ഫ്രീ ചർച്ച് ഓഫ് ഇന്ത്യ (എഎഫ്സിഐ) ഉൾപ്പെടെ എട്ട് പ്രധാനവിഭാഗങ്ങൾക്കാണു കൗൺസിലിൽ പ്രാതിനിധ്യം.