ഇലന്തൂർ കാരൂർ സെന്റ് പീറ്റേഴ്സ് ഓർത്തഡോക്സ് പള്ളിയിലെ ശുശ്രൂഷകൾക്ക് കുര്യാക്കോസ് മാർ ക്ലീമിസ് വലിയ മെത്രാപ്പോലീത്ത മുഖ്യകാർമികത്വം വഹിച്ചു. പള്ളിയിലെ ശുശ്രൂഷയ്ക്കുശേഷം സൈന്യം സഹപ്രവർത്തകന് അന്തിമോപചാരം അർപ്പിച്ചു. ദേവാലയത്തിനു പുറത്ത് പ്രത്യേകം തയാറാക്കിയ സ്ഥലത്ത് മൃതദേഹപേടകം വച്ചുകൊണ്ടാണു ചടങ്ങുകൾ നടന്നത്. കരസേനയുടെ വിവിധ റെജിമെന്റുകളും എൻസിസി അടക്കമുള്ള സേനവിഭാഗങ്ങളും ആദരാഞ്ജലി അർപ്പിച്ചു.
അന്തിമോപചാര ചടങ്ങുകൾക്കുശേഷം ദേവാലയ അങ്കണത്തിൽ പ്രത്യേകം തയാറാക്കിയ കല്ലറയ്ക്കരികിലേക്ക് തോമസ് ചെറിയാന്റെ മൃതദേഹം നീക്കി. അവിടെ അവസാനഘട്ട ചടങ്ങുകൾ പൂർത്തിയാക്കി ആകാശത്തേക്ക് വെടി ഉതിർത്തശേഷം ദേശീയ പതാക മൃതദേഹത്തിൽനിന്നു നീക്കി ബന്ധുക്കളെ ഏല്പിച്ചു. തുടർന്ന് പ്രാർഥനകൾക്കുശേഷം മൃതദേഹം കല്ലറയിലേക്ക് വച്ചു.