അഞ്ചാമത്തെ ദലൈലാമയായിരുന്ന ലോസാങ് ഗ്യാറ്റ്സോ 1645ൽ പൊടാല കൊട്ടാരത്തിന്റെ നിർമാണമാരംഭിച്ചു. കെട്ടിടത്തിന്റെ സ്ട്രെക്ചർ മൂന്നു വർഷം കൊണ്ട് നിർമിച്ചു.
ഉൾവശങ്ങളും മരപ്പണികളും മറ്റും തീർക്കുവാൻ 45 വർഷമെടുത്തു. 1649ൽ ദലൈലാമയും ഭരണകൂടവും പോട്രാങ് കാർപോ (വെള്ളക്കൊട്ടാരം) എന്ന കെട്ടിടത്തിലേക്ക് മാറി. ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണം കഴിഞ്ഞ് 12 വർഷം കൂടി (1694 വരെ) നിർമാണം തുടരുന്നുണ്ടായിരുന്നു.
തണുപ്പുകാലത്തെ കൊട്ടാരമായി പൊട്ടാല കൊട്ടാരം ഉപയോഗിക്കാൻ ദലൈലാമമാർ ആരംഭിച്ചു. ചൈനയ്ക്കെതിരായി ടിബറ്റ് വാസികൾ 1959ൽ നടത്തിയ കലാപത്തിൽ കൊട്ടാരത്തിന് ചെറിയ നാശനഷ്ടങ്ങളുണ്ടായി.
കൊട്ടാരത്തിന്റെ ജനലുകളിലേക്ക് ചൈന ഷെല്ലുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ആക്രമണം നടത്തിയതിനാലായിരുന്നു ഇത്. 1966ൽ ചൈനയുടെ സാംസ്കാരിക വിപ്ലവകാലത്ത് ചൈനീസ് ഭരണാധികാരിയായിരുന്ന ഷൗ എൻലായിയുടെ ഇടപെടൽ കാരണം ഈ കൊട്ടാരം സംരക്ഷിക്കപ്പെട്ടു.
പക്ഷേ കൊട്ടാരത്തിലുണ്ടായിരുന്ന 1,00,000ലധികം പുസ്തകങ്ങൾ മോഷ്ടിക്കപ്പെടുകയും ചിലവ നശിപ്പിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. 1994ൽ യുനസ്കോ പൊടാല കൊട്ടാരം ഒരു ലോക പൈതൃക സ്മാരകമായി പ്രഖ്യാപിച്ചു.
കെട്ടിടം സംരക്ഷിക്കുന്നതിനായി ഈ പ്രദേശത്ത് 21 മീറ്ററിൽ കൂടുതൽ ഉയരമുള്ള കെട്ടിടങ്ങൾ പണിയുന്നത് തടഞ്ഞുകൊണ്ട് ചൈന ഉത്തരവിറക്കി. കെട്ടിടത്തിന്റെ അറ്റകുറ്റപ്പണികൾക്കായി ഉപയോഗിച്ച വസ്തുക്കൾ സംബന്ധിച്ചും യുനസ്കോ ആശങ്ക അറിയിച്ചിരുന്നു.
എട്ട് ദലൈലാമമാരുടെ ശവകുടീരങ്ങൾ ഈ കൊട്ടാരത്തിനുള്ളിൽ ഉണ്ട്. ടിബറ്റൻ ബുദ്ധമതക്കാരുടെ പ്രധാന തീർത്ഥാടന കേന്ദ്രമായി ഇത് നിലകൊള്ളുന്നു. ലോകത്തിലെതന്നെ ബുദ്ധമതക്കാരുടെ പ്രധാന കേന്ദ്രമായി ഇന്നും പൊടാല കൊട്ടാരം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു.
ആയിരക്കണക്കിനു സന്ദർശകരാണ് ദിവസവും കൊട്ടാരം കാണാനെത്തുന്നത്. 2002ൽ 22.5 ദശലക്ഷം ഡോളർ ചെലവഴിച്ചാണ് ഈ കൊട്ടാരത്തിന്റെ പുനരുദ്ധാരണം നടത്തിയത്. കെട്ടിടത്തിന്റെ സംരക്ഷണാർഥം ദിവസേനയുള്ള സന്ദർശകരുടെ എണ്ണം 2,300 ആയി പരിമിതപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു.
2022 ഫെബ്രുവരിയിൽ ടിബറ്റൻ പോപ്പ് താരം സെവാങ് നോർബു പൊട്ടാല കൊട്ടാരത്തിന് മുന്നിൽ സ്വയം തീകൊളുത്തി മരിച്ചത് വലിയ വിവാദമായിരുന്നു.