ഇത് പാർട്ടിയിൽ വലിയ പ്രതിസന്ധിക്കു കാരണമായി. ഒരു വലിയ വിഭാഗം എംഎൽഎമാർ രാമറാവുവിന് എതിരായി. എംഎൽഎമാരെ കോർത്തിണക്കി രാമറാവുവിനെതിരേ പിന്നിൽനിന്ന് കരുക്കൾ നീക്കിയത് ചന്ദ്രബാബു നായിഡു ആയിരുന്നു.
1995ൽ രാമറാവുവിനെ അട്ടിമറിച്ച് ചന്ദ്രബാബു നായിഡു ആന്ധ്ര മുഖ്യമന്ത്രിയായി. തുടർന്ന് 1998ലെ ലോക്സഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പിൽ 29 സീറ്റുകൾ കരസ്ഥമാക്കി എൻഡിഎയിലെ പ്രമുഖ കക്ഷിയായി. ടിഡിപിയിലെ ജി.എം.സി. ബാലയോഗി ലോക്സഭാ സ്പീക്കറായി.
1995ൽ രാമറാവുവിനെ അട്ടിമറിച്ച് മുഖ്യമന്ത്രി പദം പിടിച്ചെടുത്ത നായിഡു 2004വരെ മുഖ്യമന്ത്രിയായി തുടർന്നു. ഏറ്റവുമധികം കാലം ആന്ധ്ര മുഖ്യമന്ത്രിയായ വ്യക്തി എന്ന പദവിക്കും നായിഡു അർഹനാണ്.
2003 ഒക്ടോബർ ഒന്നിന് തിരുപ്പതിയിലെ അലിപ്പിരി ടോൾഗേറ്റിന് സമീപം പീപ്പിൾസ് വാർ ഗ്രൂപ്പ് നടത്തിയ കുഴിബോംബ് സ്‌ഫോടനത്തിൽനിന്ന് നായിഡു കഷ്ടിച്ച് രക്ഷപ്പെടുകയായിരുന്നു. ഇതിന് തൊട്ടുപിന്നാലെ നായിഡു സംസ്ഥാന നിയമസഭ പിരിച്ചുവിട്ടു.
2004 ഏപ്രിലിൽ നടന്ന പാർലമെന്‍റ് തെരഞ്ഞെടുപ്പിനൊപ്പം സംസ്ഥാനത്തേക്കുള്ള തെരഞ്ഞെടുപ്പും നടന്നു. ഉയർന്ന വൈദ്യുതി നിരക്കുകളും കർഷക രോഷവും ടിഡിപിക്ക് നേരിടേണ്ടി വന്നു. കൂടാതെ, പുതുതായി രൂപീകരിച്ച കോൺഗ്രസ്-ടിആർഎസ് സഖ്യം തെലങ്കാനയിലെ ടിഡിപി ജനപ്രീതിക്ക് വലിയ വെല്ലുവിളി ഉയർത്തി.
ആ തെരഞ്ഞെടുപ്പിൽ ആന്ധ്രയിൽ കോൺഗ്രസ് വിജയം കൊയ്തു. ജഗൻമോഹൻ റെഡ്ഡിയുടെ പിതാവ് രാജശേഖര റെഡ്ഡി ആന്ധ്രാ മുഖ്യമന്ത്രിയായി. 2009ൽ നടന്ന തെരഞ്ഞെടുപ്പിലും ചന്ദ്രബാബു നായിഡുവിന്‍റെ ടിഡിപി തോറ്റു.
പ്രമുഖ തെലുങ്കുനടൻ ചിരഞ്ജീവിയും അന്ന് മത്‌സര രംഗത്തുണ്ടായിരുന്നു. ചിരഞ്ജീവിയുടെ പാർട്ടിക്ക് 18 സീറ്റേ ലഭിച്ചുള്ളുവെങ്കിലും അവരുടെ സാന്നിധ്യവും രാജശേഖര റെഡ്ഡിയുടെ ഭരണമികവും ടിഡിപിക്കു വിനയായി.
2014ൽ ആന്ധ്രയും തെലങ്കാനയും രണ്ടായി വിഭജിച്ചശേഷം നടന്ന തെരഞ്ഞെടുപ്പിൽ ചന്ദ്രബാബു നായിഡുതന്നെ വിജയിച്ചു. രാജശേഖര റെഡ്ഡിയുടെ പുത്രൻ ജഗൻമോഹനും കോൺഗ്രസ് പാർട്ടിയും തമ്മിലുണ്ടായ പ്രശ്നങ്ങളെത്തുടർന്ന് ചന്ദ്രബാബു നായിഡുവിന് ഭരണം ലഭിക്കുകയായിരുന്നു. നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പിനൊപ്പം നടന്ന ലോക്സഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പിലും ടിഡിപി മിന്നും വിജയം കരസ്ഥമാക്കി.
നരേന്ദ്രമോദി സർക്കാരിൽ ടിഡിപിയും അംഗമായി. എന്നാൽ നിരവധി ആവശ്യങ്ങളാണ് ടിഡിപി മോദിക്കു മുന്നിൽ ഉന്നയിച്ചത്. എന്നാൽ ലോക്സഭയിൽ വ്യക്തമായ ഭൂരിപക്ഷമുണ്ടായിരുന്നതിനാൽ മോദി നായിഡുവിന്‍റെ ആവശ്യങ്ങൾക്ക് വഴങ്ങിയില്ല.
ആന്ധ്രയ്ക്കുള്ള പ്രത്യേക കാറ്റഗറി പദവി (എസ്‌സിഎസ്) വിഷയത്തിൽ 2018 മാർച്ചിൽ ടിഡിപി പ്രധാനമന്ത്രി നരേന്ദ്ര മോദിയുടെ സർക്കാരിൽ നിന്ന് രണ്ട് മന്ത്രിമാരെ പിൻവലിച്ചു. പിന്നീട് എൻഡിഎയ്ക്കുള്ള പിന്തുണയും നായിഡു പിൻവലിക്കുകയായിരുന്നു.
സംസ്ഥാനത്തെ ആധുനിക വത്കരിക്കാനും നിക്ഷേപങ്ങൾ സംസ്ഥാനത്തേക്കു കൊണ്ടുവരാനും ചന്ദ്രബാബു നായിഡു മുൻകൈയെടുത്തു. ഹൈദരാബാദിൽ ഹൈടെക് സിറ്റി സ്ഥാപിച്ചു. ബിൽഗേറ്റ്സിനെ വരെ ആന്ധ്രയിൽ കൊണ്ടുവന്ന് പുതിയ ഐടി പദ്ധതികൾക്കും അദ്ദേഹം രൂപം കൊടുത്തു.
നിരവധി വിദേശ കന്പനികളെ ആന്ധ്രയിൽ കൊണ്ടുവന്ന് തൊഴിലവസരങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കാനും അദ്ദേഹത്തിനു കഴിഞ്ഞു. എന്നാൽ ഇക്കാലയളവിൽ കർഷകർക്കായി അദ്ദേഹം ഒന്നും ചെയ്യുന്നില്ലെന്ന് ആരോപണമുയർന്നു.
2019ലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പിൽ ബിജെപിമുന്നണി വിട്ടാണ് നായിഡു മത്‌സരിച്ചത്. അക്കാലയളവിലാണ് ആന്ധ്രയിൽ കോൺഗ്രസുമായി ഉടക്കി ജഗൻമോഹൻ റെഡ്ഢി വൈഎസ്ആർ കോൺഗ്രസ് രൂപീകരിച്ചത്. വൈഎസ്ആർ കോൺഗ്രസിന്‍റെ കടന്നുകയറ്റത്തിൽ ടിഡിപി തകർന്നടിഞ്ഞു. 175 നിയമസഭാ സീറ്റിൽ വെറും 23 സീറ്റു മാത്രമാണ് നായിഡുവിന് ലഭിച്ചത്.
തുടർന്നങ്ങോട്ട് ചന്ദ്രബാബുനായിഡുവിന് കഷ്ടകാലത്തിന്‍റെ ദിനങ്ങളായിരുന്നു. 2023 സെപ്റ്റംബർ 9ന് 371 കോടി രൂപയുടെ പൊതുഫണ്ട് ദുരുപയോഗം ചെയ്തതിന് ആന്ധ്രാപ്രദേശ് ക്രൈം ഇൻവെസ്റ്റിഗേഷൻ ഡിപ്പാർട്ട്മെന്‍റ് നായിഡുവിനെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തു.
52 ദിവസം ജുഡീഷൽ കസ്റ്റഡിയിൽ കഴിഞ്ഞ ശേഷം 2023 ഒക്ടോബർ 31ന് ജാമ്യത്തിൽ പുറത്തിറങ്ങുകയായിരുന്നു. തുടർന്നുവന്ന ലോക്സഭാ-നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പുകളിൽ ബിജെപിയുമായി ചേർന്ന് സഖ്യമുണ്ടാക്കി മത്‌സരിക്കാൻ നായിഡു തീരുമാനിക്കുകയായിരുന്നു.
ഇതിനായി ബിജെപി അധികാരമുപയോഗിച്ച് അദ്ദേഹത്തിനു മേൽ സമ്മർദം ചെലുത്തിയതായും ആരോപണം ഉയർന്നിരുന്നു. ജഗൻമോഹൻ റെഡ്ഡിയും പെങ്ങൾ വൈ.എസ്. ശർമിളയും തമ്മിലുള്ള പോരും കാര്യങ്ങൾ ചന്ദ്രബാബു നായിഡുവിന് അനുകൂലമാക്കി.
ഏതായാലും ചന്ദ്രബാബു നായിഡുവിന് ഇനി രാജയോഗമാണ്. സംസ്ഥാന ഭരണം കൈപ്പിടിയിൽ ഒതുക്കിയതിനു പുറമേ കേന്ദ്രത്തെയും സമ്മർദത്തിലാക്കി കാര്യങ്ങൾ നേടിയെടുക്കാൻ അദ്ദേഹത്തിനാവും.
ആന്ധ്രയുടെ പ്രത്യേക പദവിയും പ്രമുഖ മന്ത്രിസ്ഥാനങ്ങളും സ്പീക്കർ പദവിയുമൊക്കെ നായിഡു ആവശ്യപ്പെട്ടു കഴിഞ്ഞു. കോടികളുടെ വിറ്റുവരവും ആന്ധ്രയിലും തെലുങ്കാനയിലും നിരവധി ഔട്ട്‌ലെറ്റുകളുമുള്ള ഹെറിറ്റേജ് ഫുഡ്സ് നായിഡു കുടുംബത്തിന്‍റേതാണ്. ഏക മകൻ നര ലോകേഷിനെയും നായിഡു രാഷ്ട്രീയത്തിലിറക്കിയിട്ടുണ്ട്.